Γύρισε την επόμενη σεζόν στον Αστέρα Αλεξάνδρειας ενώ την σεζόν 2008-2009 ανέλαβε προπονητής στα τμήματα υποδομής της ΠΑΕ Βέροιας. Την σεζόν 2009-2010 ανέλαβε τεχνικός διευθυντής στον Νηρέα Βέροιας.
Η αρχή της σεζόν 2010-2011 τον βρήκε και πάλι στο ΜΑΚΡΟΧΩΡΙ στην πρώτη χρονιά της τετραετούς θητείας του Διονύση Βούλγαρη στον προεδρικό θώκο, αλλά αποχώρησε τον Δεκέμβριο και λίγες μέρες μετά ανέλαβε την Αγκαθιά η οποία τερμάτισε στην 9η θέση.
Την σεζόν 2011-2012 επέστρεψε στην ομάδα του ΜΑΚΡΟΧΩΡΙΟΥ και δημιούργησε μια ομάδα που έπαιζε εξαιρετικό ποδόσφαιρο κατακτώντας το πρωτάθλημα και το κύπελλο και κερδίζοντας την άνοδο στην Δ΄ Εθνική μέσα από την διαδικασία μπαράζ. Η ομάδα του Μακροχωρίου εκείνη την περίοδο πέτυχε πάνω από 100 γκολ σε 30 αγώνες.
Η επόμενη σεζόν τον βρήκε και πάλι στον πάγκο του ΜΑΚΡΟΧΩΡΙΟΥ αλλά αυτή τη φορά στην Δ΄ Εθνική. Η ομάδα που δημιουργήθηκε είχε όλα τα προσόντα να κατακτήσει την πρώτη θέση αλλά κάποια λάθη και κάποιες ποινές τελικά έφεραν μια χαλάρωση και η ομάδα κατέκτησε την 3η θέση πίσω από Κοζάνη και Νάουσα.
Ο Γιάννης Κερλίδης μετά την επισημοποίηση της επιστροφής του ανέφερε στις πρώτες του δηλώσεις στο makrochorifc.gr: «Μετά από ένα χρόνο επιστρέφω στην ομάδα του Μακροχωρίου. Γνωρίζω ότι ο δρόμος θα είναι δύσβατος, έχοντας όμως ως όπλα στην φαρέτρα μου την ποδοσφαιρική γνώση, την αστείρευτη διάθεση και αξιόλογους συνεργάτες πιστεύω ότι οι στόχοι μας θα επιτευχθούν.
Αρνητικό σημείο την προκείμενη στιγμή είναι ο χρόνος αλλά με τις προσπάθειές μας στον μέγιστο βαθμό στο τέλος θα πετύχουμε τους στόχους μας».
